婆罗洲岛上没有发现过象的化石，而当地土著的土语中也没有象这个词，是以有者认为婆罗洲象是近代被人类从亚洲其他地区带进婆罗洲的。有一传说婆罗洲象种群起源于非洲苏丹。1750年左右由东印度公司献给当时部分婆罗洲岛的统治者苏禄人。
18世纪时，印尼爪哇统治者送给菲律宾苏禄统治者少数爪哇侏儒象作为礼物，而后者不知何故，把这些象运到婆罗洲岛（印尼加里曼丹）遗弃。报告说，婆罗洲岛在那之前无象出没。
在20世纪50年代，依解剖上的差异，如较小的头盖骨和牙齿的变形等，婆罗洲象曾被归类于亚洲象（印度象或苏门答腊象）。但同时有动物学家指出婆罗洲的大象种群看上去与其它亚洲象不同，它们的头骨更小，象牙也存在一些差异。
进化过程
婆罗洲象一直以来被认为是近代由人类引入，是亚洲象属或非洲象属的后裔，并非当地的原生物种。一直到2003年以美国人唐•梅尔尼克为主的学者才以DNA检验比对为论据提出不同意见。 属于非洲象说法： 有一传说婆罗洲象种群起源于非洲苏丹，于1750年左右由东印度公司献给当时部分婆罗洲岛的统治者苏禄人。 属于亚洲象说法： 婆罗洲岛上没有发现过象的化石，而当地土著的土语中也没有象这个词，是以有者认为婆罗洲象是近代被人类从亚洲其他地区带进婆罗洲的。 在20世纪50年代，依解剖上的差异，如较小的头盖骨和牙齿的变形等，婆罗洲象曾被归类于亚洲象（印度象或苏门答蜡象）的一个亚种。但同时有动物学家指出婆罗洲的大象种群看上去与其它亚洲象不同,它们的头骨更小，象牙也存在一些差异。 2003年以基因技术揭示了婆罗洲象起源： 美国纽约哥伦比亚大学环境研究和保护中心的唐•梅尔尼克（Don Melnick）与来自美国、印度和马来西亚的同事研究了婆罗洲大象的DNA。他们收集了婆罗洲北部马来西亚部分的20只大象的粪便和血液样本，从中分离出一个线粒体和5个染色体基因。然后比较这些基因与南亚地区数百头大象的相应基因。2003年的比较结果，婆罗洲大象与任何已知大象种群都存在很大差异，无论是野生还是驯养种群。婆罗洲象应该归于一独特的亚种。 研究结果发现婆罗洲象并非近代才出现。它们和其他亚洲象明显不同。婆罗洲象是三十万年前婆罗洲和亚洲大陆分离后，所诞生的新物种。
